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1、羊遗传评估体系建设依据标准化生产性能测定体系和智能育种管理信息系统获取的数据开展羊遗传评估。依据品种特征、羊重要经济性状构建遗传评估参考群体，各性状估计育种值经标准化后，按权重比例进行加权，得到乌珠穆沁羊选择指数;并选取遗传力低、测定难度大、难以度量的重要经济性状进行基因组评估（例如产羔率、繁殖率、屠宰率等性状）,基因组估计育种值（GEBV）经标准化后，通过适当的加权，得到乌珠穆沁羊基因组选择指数。（1）乌珠穆沁羊遗传评估流程a、遗传评估均采用单性状动物模型BLUP法，借助WOMBAT软件包进行评估；b、遗传评估模型育种值预测模型如下：yijkin=P+Stationi+SOUrCej+Yea
2、rk+Typet+Sexn+day+aijklnp+Ijklnp式中：力及加个体性状的观察值；口：总平均数；Stationi:现所属场站固定效应；Source出生地固定效应；Yeark:出生年固定效应；Typel:使用类型固定效应；SeXjl:性别固定效应；day：年龄（天数）；aijklnp:个体的加性遗传效应，服从（0,4忌）分布，A指个体间分子血缘系数矩阵，W指加性遗传方差；eijkhlp:随机剩余效应，服从（0,/觉）分布，/指单位对角矩阵，蟾指随机残差方差。C、乌珠穆沁羊选择指数的计算例如以初生重、断奶重、6月龄重、日增重和产羔数估计育种值经标准化后，按10：25：15：20:30的
3、比例进行加权，得到乌珠穆沁羊选择指数。BWTVVT45WTl8。TdCSl=100+10-+25+15+20Sw45sWT180SWTD+30LEY式中：BWT：初生重的估计育种值；Sbwt:初生重遗传标准差；WT43:校正45日龄重的估计育种值；%4s:校正45日龄重遗传标准差；WT180:校正180日龄重的估计育种值；Svvtjho:校正180日龄重遗传标准差；WTd:0-180日龄日增重的估计育种值；SWTD：0-180日龄日增重遗传标准差；1.EY：母羊年产活羔数的估计育种值;Sley:母羊年产活羔数遗传标准差。（2）乌珠穆沁羊基因组遗传评估流程a、乌珠穆沁羊遗传评估采用R软件包GBL
4、UP间接法进行;b、基因组遗传评估模型由R包的GBLIJP间接法估计出褥记效应，模型如下：y=Xb+Zigi+e其中，y是表型观察值向量是f维固定效应向量，f为固定效应个数；%是第i个标记的效应值，方差为埸；n是总的标记数；e是随机残差向量，方差为港/;蟾是残差方差，X是nXf维关联矩阵，Z是为n个个体在第i个SNP的基因型向量。将待评估个体的标记基因型向量与位点效应向量相乘，即可得到待评估个体的各性状基因组估计育种值。c、乌珠穆沁羊基因组选择指数的计算以产羔数、胴体重、屠宰率基因组估计育种值经标准化后，通过适当的加权，得到乌珠穆沁羊基因组选择指数，具体计算公式如下：。GCSl = IOO + 40 GebULEY0.45+ 30 GbV5.24+ 30 GebUDP0.68式中:GebvLEY：年产活羔数基因组估计育种值;Gebvcw:胴体重基因组估计育种值；Gebvbp-.屠宰率基因组估计育种值。
